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La scelta della colonna per HPLC deve essere fatta tenendo presente alcuni semplici ma importanti fattori: risoluzione e tempo di analisi, sensibilità, vita della colonna e costo.

Questi fattori dipendono dal tipo d’impaccamento, dalla forma e dimensioni delle particelle, dalla porosità, dalla carica di carbonio e dalle dimensioni della colonna stessa. Particelle con forma irregolare hanno una grande area superficiale e sono molto economiche, mentre quelle sferiche più stabili e riproducibili, danno una bassa contropressione e prestazioni migliori. La porosità delle particelle deve essere tale da poter includere le molecole da analizzare. A parità d’impaccamento le colonne corte danno tempi d’analisi più brevi, colonne lunghe risoluzioni migliori. Diametri piccoli migliorano la sensibilità riducendo il consumo di solvente, mentre colonne con diametri più grandi minimizzano gli effetti negativi del volume morto nel sistema HPLC. E’ buona regola, per proteggere la colonna e lo strumento da contaminanti presenti nel campione, utilizzare filtri di linea e precolonne che, non alterando il cromatogramma d’analisi, allungano la vita della colonna stessa.